Elle devint la capitale du Cambodge après que Ponhea Yat, roi de l'empire khmer, s'enfuit d'Angkor Thom quand il fut capturé par le Siam en 1431. Il y a un stûpa derrière le Wat Phnom où se trouvent les restes de Ponhea Yat et de la famille royale ainsi que des vestiges des statues bouddhistes de l'ère d'Angkor.

Wat Phnom:

C’est le symbole de la ville. La légende nous raconte qu’au XVIème siècle, pendant le règne du roi Ponhea Yat, une dame âgée très riche nommée Penh habitait près de la rive du fleuve. Cette année-là, il y avait une grande inondation. Le Mékong a inondé la rive. Mme Penh ou Daun Penh a vu un grand arbre « koki » (nom d’une espèce d’arbre au Cambodge) flottant près de sa maison. Elle a trouvé 4 Bouddha en bronze et une statue en pierre. Elle a convoqué ses voisins de l’aider à construire une colline (un Phnom). Elle a construit une cabane en chaume pour abriter les statuettes de Bouddha. Quand le roi Norodom s’est installé à Phnom Penh, il a fait construire une pagode pour les 4 statuettes et un grand stupa pour mettre les reliques royales.

Palais Royal :

Après l’abandon de l’ancienne capitale Oudong, la nouvelle capitale a été apparue au bord du fleuve de Chaktomuk en 1866, sous le règne du Roi Norodom. Le Palais Royal a été inauguré officiellement le 14 février 1870. La structure des bâtiments (différents palais et pagodes) est inspirée de la sculpture khmère sur une surface d’environ 16 hectares. Protégé et entouré derrière un haut mur, construit en 1866 sous le règne de Norodom, également peint en jaune royal, on y aperçoit les toits du château Khemmarine, le pavillon Chan Chhaya, Preah Keo Morakat, Tévia Vini-chhay… .

Pagode d’argent :

Parmi les plus visités la Padoge Royale ou Pagode du Bouddha d'Emeraude (wat preah Keo, plus connu sous le nom de Pagode d'Argent), est le sanctuaire des cendres royales. Depuis 1962 y scintillent 5329 carreaux d'argent de 1,125 k chacun. La pagode fut édifiée par le Roi Norodom de 1892 à 1902. On voit, dans la cour, sa statue équestre ou il est représenté habillé en général français. Il pourrait s'agir de la statue équestre de Napoléon III, dont la tête aurait été remplacée par celle du Roi Norodom.

Musée National :

Construit par les Français en 1917, le Musée National de Phnom Penh a été nommé « Musée Albert Sarraut » en 1920, en l’honneur de gouverneur général de l’Indochine. Ouvert au publique tous les jours,il expose des statuts de l’art khmer (de différentes périodes : pré-historique, pré-angkorienne IV-IXème siècle, angkorienne X-XIVème siècle et post-angkorienne à partir de XVIème siècle)

Musée de génocide :

Le Musée Tuol Sleng, l'un des sites le plus visité par les Cambodgiens et les étrangers. C'était auparavant un lycée qui fut converti en 1975 en Centre de Détention, connu sous le nom de Prison de Sécurité 21 (S21) par les Forces de Sécurité de Pol Pot.

Il est maintenant reconnu comme le plus grand centre de détention et de torture du pays.

Plus de 17 000 prisionniers y furent retenus pour être transportés ensuite dans le camp d'extermination de Cheoung Ek et y être exécutés. Lorsque Phnom Penh fut libéré par l'Armée Vietnamienne au début 1979, seul sept prisonniers restaient survivants. En août 1979, les Vietnamiens transforment le site en musée.

Le musée a été récemment réaménagé et propose maintenant plus d'explications sur le drame cambodgien.